隧道式微波干燥设备运行时，首先由微波发生器产生微波，经馈能装置输入微波加热器，物料由传输系统送至加热器中，此时物料中的水分在微波能的作用下升温蒸发，水蒸气通过抽湿系统排出，达到干燥的目的。物料中的细菌则被微波电磁场作用下所产生的生物效应和热效应杀灭。

隧道式微波干燥机械运行时，通过PLC人机界面进行控制，物料由聚四氟乙烯（特氟龙）输送带进行输送，其速度调节为无级变频调速。加热箱配备红外辐射测温仪，通过设置温度控制点，实现温度自动调节，以精确控制产品质量。其中，微波管根据功率要求进行选择，同时根据物料位置自动开闭相应的微波加热组功能。此外，微波隧道式干燥设备可同上下游工序有效衔接，进行丸剂的在线干燥和在线灭菌工序，从而实现丸剂生产的联动化操作。